結果的に、私の場合は大丈夫でした。
確認した方法は、ふるさとチョイスの控除上限額シミュレーションです。

さらに、マネーフォワードの説明を見て安心しました。
ざっくり、住宅ローン減税は所得税からの控除で、住宅ローン減税は住民税からの控除分には上限があり、ふるさと納税は住民税からの控除なので上限外から控除できるということが理解できました。