ワンストップ申請が出来るようにってから、ふるさと納税を始めました。
サラリーマンは、ふるさと納税をした方が、お得ですからね。

そんなふるさと納税のワンストップ特例制度ですが、
印鑑をシャチハタで押しても良いのでしょうか？

ワンストップ特例制度申請書はシャチハタ不可

これは宮崎県都城市のワンストップ申請の説明書です。

「※シャチハタ（スタンプ式の簡易印鑑）不可」

と書かれていました。
他の市のワンストップ申請説明書には、シャチハタ不可とは書いていなかったので、既にシャチハタで出してしまいましたよ、、、

どーなってしまうんだろう・・・？また追って結果を報告したいと思います。

市役所等公的な申請書の印鑑にはシャチハタは使わない方が良い

市役所等の公的な申請書の印鑑にはシャチハタは使わない方が良いです。

何故ならば、シャチハタ印が「ゴム印」であるため、簡単に誰でも作れて、誰でも手軽に押せてしまうという昔からの背景にあります。そのため、公的な申請書ではシャチハタ不可です。
今現在を考えると、普通の認印の方が同じ印鑑を100円ショップとかで入手しやすいので、量産される100円ショップの認印の方が問題なような気がするんですけどね、、、

公的申請書には、シャチハタではなく認印を使うようにしましょう。

追伸。シャチハタでもワンストップ特例制度申請を受理してくれた市町村あり

ワンストップ申請に、シャチハタで申請してしまったのですが、
結果的に、それでもワンストップ申請の受理報告が来ました（静岡県藤枝市、福岡県飯塚市）。
申し込んだ市町村に、よってしまうのかもしれませんが。

例えば、上記市町村では（確か、大阪府泉佐野市）、

※押印が無い場合、寄付金控除を適切に受けることができない場合がございます。

とあります。
逆を言えば、押印が無いという場合でも、適切に控除を受けることもあるとということですね。